Ключевые слова
ПЦР-диагностика
дерматозы у детей
Аннотация
Инфекционные дерматозы являются одной из самых частых патологий кожи у детей, что диктует необходимость изучения вклада микробиоты в развитие заболеваний кожи, а также поиска информативных подходов для рутинного обнаружения ассоциированных с инфекционными дерматозами микроорганизмов (МО). Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени (ПЦР-РВ) является перспективным методом для рутинного выявления оппортунистических МО на поверхности кожи. ПЦР-РВ, в отличие от секвенирования следующего поколения (NGS), хорошо адаптирована для практического здравоохранения и позволяет определять количество целевого МО. Кроме того, ПЦР-РВ лишен недостатков культурального исследования.
Цель исследования — оценить возможности метода ПЦР-РВ в выявлении условно-патогенных микроорганизмов с поверхности кожи.
Материалы и методы. В исследование включены 13 детей с установленными заболеваниями кожи на амбулаторном приеме дерматовенеролога. Исследование микробиоты проводили методом ПЦР-РВ с помощью наборов реагентов «БакСкрин УПМ» и «МикозоСкрин» (ООО «ДНК-Технология», Россия). Статистическую обработку данных проводили с помощью R‑4.4.0 (сборка от 24 апреля 2024 г.).
Результаты. Бактериальную ДНК обнаружили в 92,3 % образцах, грибковую ДНК — в 80,8 %. Для образцов с пораженных участков кожи отмечали тенденцию к большему количеству определяемых групп оппортунистических МО и большему суммарному уровню бактериальной ДНК, более частому обнаружению бактерий родов Staphylococcus и Acinetobacter, бактерий порядка Enterobacterales и грибов вида Candida parapsilosis. Наибольшее количество бактериальной ДНК отмечали в пробах с пораженных участков кожи у пациентов с атопическим дерматитом (107,5–108,2 ГЭ/образец), что в среднем в 10 000 раз превышало количество бактериальной ДНК для других образцов.
Выводы. ПЦР-РВ позволил выявить бактериальную и грибковую ДНК в большинстве образцов с поверхности кожи, как правило, в количествах 103–105 ГЭ/образец.
Для цитирования
Пилотное исследование возможностей метода ПЦР в реальном времени для обнаружения оппортунистических микроорганизмов в образцах с поверхности кожи / Н. В. Савченко, Д. О. Корнилов, В. М. Симарзина [и др.] // Вестник УГМУ. 2024. № 2. С. 61–74. EDN: https://elibrary.ru/RXECGY.
Список источников
Research Techniques Made Simple: Profiling the Skin Microbiota / M. D. Grogan, C. Bartow-McKenney, L. Flowers [et al.] // Journal of Investigative Dermatology. 2019. Vol. 139, Iss. 4. P. 747–752.e1. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jid.2019.01.024.
Therapeutic Responses to Roseomonas Mucosa in Atopic Dermatitis May Involve Lipid-Mediated TNF-Related Epithelial Repair / I. A. Myles, C. R. Castillo, K. D. Barbian [et al.] // Science Translational Medicine. 2020. Vol. 12, Iss. 560, Art. No. eaaz8631. DOI: https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaz8631.
Staphylococcus Aureus Colonisation in HIV–Infected Patients: Incidence, Risk Factors and subsequent skin-and soft-tissue infections / A. Panigrahy, S. Sinha, B. K. Das [et al.] // Indian Journal of Medical Microbiology. 2020. Vol. 38. Iss. 3–4. P. 444–447. DOI: https://doi.org/10.4103/ijmm.IJMM_20_5.
In Vitro Antifungal Activity of Ibrexafungerp (SCY‑078) Against Contemporary Blood Isolates from Medically Relevant Species of Candida: A European Study / G. Quindos, K. Miranda-Cadena, R. San-Millan [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2022. Vol. 12, Art. No. 906563. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.906563.
Анализ состояния заболеваемости болезнями кожи и подкожной клетчатки в Российской Федерации за период 2003–2016 гг. / А. А. Кубанова, А. А. Кубанов, Л. Е. Мелехина, Е. В. Богданова // Вестник дерматологии и венерологии. 2017. Т. 93, № 6. С. 22–33. DOI: https://doi.org/10.25208/0042-4609-2017-93-6-22-33.
A Study of Clinical Pattern and Seasonal Variation of Dermatoses in Children: Contemplating Findings for Family Physicians / R. Kandpal, M. Kumar, C. Patil [et al.] // Journal of Family Medicine and Primary Care. 2022. Vol. 11, Iss. 6. P. 2468–2473. DOI: https://doi.org/10.4103/jfmpc.jfmpc_1964_21.
Clinicoepidemiology of Skin Diseases in Children Seen at the University Hospital Center Morafeno, Toamasina, Madagascar / I. M. Ranaivo, F. A. Sendrasoa, M. Andrianarison [et al.] // Dermatology Research and Practice. 2021. Vol. 2021, Art. No. 6456448. DOI: https://doi.org/10.1155/2021/6456448.
Заболевания кожи у детей, оказавшихся в трудной жизненной ситуации: клиническая характеристика, социальная значимость дерматозов / К. И. Николаева, Н. В. Савченко, М. А. Уфимцева [и др.] // Уральский медицинский журнал. 2020. № 12. С. 127–134. EDN: https://elibrary.ru/eqjnbe.
Evaluation of 16S rRNA Gene Sequencing for Species and Strain-Level Microbiome Analysis / J. S. Johnson, D. J. Spakowicz, B. Y. Hong [et al.] // Nature Communications. 2019. Vol. 10, Iss. 1, Art. No. 5029. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-13036-1.
Hanifin J. M., Rajka G. Diagnostic Features of Atopic Dermatitis // Acta Dermato-Venereologica. 1980. Vol. 92, Suppl. 92. P. 44–47. DOI: https://doi.org/10.2340/00015555924447.
Severity Scoring of Atopic Dermatitis: The SCORAD Index. Consensus Report of the European Task Force on Atopic Dermatitis // Dermatology. 1993. Vol. 186, Iss. 1. P. 23–31. DOI: https://doi.org/10.1159/000247298.
The Eczema Area and Severity Index (EASI): Assessment of Reliability in Atopic Dermatitis / J. M. Hanifin, M. Thurston, M. Omoto [et al.] // Experimental Dermatology. 2001. Vol. 10, Iss. 1. P. 11–18. DOI: https://doi.org/10.1034/j.1600-0625.2001.100102.x.
A New Proposed Severity Score for Seborrheic Dermatitis of the Face: Seborrheic Dermatitis Area and Severity Index (SEDASI) / G. Micali, F. Lacarrubba, F. Dall’Oglio [et al.] // Journal of the American Academy of Dermatology. 2017. Vol. 76, Iss. 6, Suppl. 1. P. AB18. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jaad.2017.04.088.
The Microbiology of the Human Axilla and Its Relationship to Axillary Odor / J. J. Leyden, K. J. McGinley, E. Holzle [et al.] // Journal of Investigative Dermatology. 1981. Vol. 77, Iss. 5. P. 413–416. DOI: https://doi.org/10.1111/1523-1747.ep12494624.
Detection of Potentially Novel Bacterial Components of the Human Skin Microbiota Using Culture-Independent Molecular Profiling / I. Dekio, H. Hayashi, M. Sakamoto [et al.] // Journal of Medical Microbiology. 2005. Vol. 54, Iss. 12. P. 1231–1238. DOI: https://doi.org/10.1099/jmm.0.46075-0.
A Comparison of Techniques for Collecting Skin Microbiome Samples: Swabbing Versus Tape-Stripping / K. Ogai, S. Nagase, K. Mukai [et al.] // Frontiers in Microbiology. 2018. Vol. 9, Art. No. 2362. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02362. Erratum in: Frontiers in Microbiology. 2018. Vol. 9, Art. No. 2812. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02812.
Сравнение различных способов взятия и пробоподготовки образцов для исследования микробиоты кожи / Д. М. Нечаева, В. В. Мещерякова, В. М. Симарзина [и др.] // Актуальные вопросы современной медицинской науки и здравоохранения : материалы IX Международ. науч.-практ. конф. молодых ученых и студентов, Екатеринбург, 17–18 апр. 2024 г. Екатеринбург : УГМУ, 2024. Т. 2. C. 65–71.
Staphylococcus Aureus and Staphylococcus Epidermidis Strain Diversity Underlying Pediatric Atopic Dermatitis / A. L. Byrd, C. Deming, S. K. B. Cassidy [et al.] // Science Translational Medicine. 2017. Vol. 9, Iss. 397, Art. No. eaal4651. DOI: https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aal4651.
Pattern of Bacterial Colonization of Atopic Dermatitis in Saudi Children / J. A. Bilal, M. I. Ahmad, A. A. Robaee [et al.] // Journal of Clinical and Diagnostic Research. 2013. Vol. 7, Iss. 9. P. 1968–1970. DOI: https://doi.org/10.7860/JCDR/2013/5506.3371.
Distribution of Acinetobacter Species on Human Skin: Comparison of Phenotypic and Genotypic Identification Methods / H. Seifert, L. Dijkshoorn, P. Gerner-Smidt [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. 1997. Vol. 35, Iss. 11. P. 2819–2825. DOI: https://doi.org/10.1128/jcm.35.11.2819-2825.1997.
Trofa D., Gacser A., Nosanchuk J. D. Candida Parapsilosis, an Emerging Fungal Pathogen // Clinical Microbiology Reviews. 2008. Vol. 21, Iss. 4. P. 606–625. DOI: https://doi.org/10.1128/cmr.00013-08.
Distribution and Antifungal Susceptibility Pattern of Candida Species from Mainland China: A Systematic Analysis / H. Bilal, M. Shafiq, B. Hou [et al.] // Virulence. 2022. Vol. 13, Iss. 1. P. 1573–1589. DOI: https://doi.org/10.1080/21505594.2022.2123325.
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial-ShareAlike» («Атрибуция — Некоммерческое использование — На тех же условиях») 4.0 Всемирная
© 2024 Савченко Н. В., Корнилов Д. О., Симарзина В. М., Тряпицын М. А., Нечаева Д. М., Бехтер А. А., Итани Т. М., Зорников Д. Л., Ворошилина Е. С.